贝叶斯推理的案例
贝叶斯推理是一种统计推断方法,它在医学、决策分析等领域有广泛应用。以下是三个案例的简要分析:案例1:40岁妇女乳腺癌筛查。如果患病率为1%,阳性结果的患癌概率为80%,非患癌者阳性率为6%。
在上图中,我界定 所以根据贝叶斯公式,就可以算出约为 2%(如上图中的右下角),其实概率挺低的。所以我们的直觉往往对于概率推理往往是有误导性。个人觉得直觉应用在对人的判断上很合适,比如判断一个人值不值信任,可以做长期朋友吗?往往见面的第一印象挺准的。
例如,在医学诊断中,贝叶斯推理可以用来评估患者患病的可能性。医生可以使用患者的症状(X)和已有的医学知识(I)来更新对疾病(T)的初始假设。通过计算 Pr(T | I),医生可以更准确地评估患者患病的概率,从而为治疗方案提供科学依据。
除了以上的陈述以外,「归纳法原理」还有另一种形式,就是贝叶斯推理。设 X 为支持论断 T 的一个实例, 而 I 表示我们所有的已知信息。
转录组入门(7):差异表达分析
〖壹〗、**样本与数据准备**:在进行差异表达分析之前,需要至少两组样本的转录组数据。数据通常来源于高通量测序技术,如Illumina平台。样本应遵循对照原则,例如对照组与实验组。 **数据预处理**:原始的read count数据需要进行标准化处理以消除实验操作和文库大小的影响。
〖贰〗、转录组数据通常保存在NCBI的GEO数据库或TCGA数据库中。以下是GEO数据库中的数据下载方法。例如,研究某种疾病时,我们需要找出数据的独特之处,如样本量、数据新颖性等。 数据分析 常用的数据分析软件有GEO2R和limma。NCBI数据库中的GEO2R软件可直接在线分析并得到差异基因。
〖叁〗、使用DESeq 进行差异表达分析: DESeq 包含三步,estimation of size factors(estimateSizeFactors), estimation of dispersion(estimateDispersons), Negative Binomial GLM fitting and Wald statistics(nbinomWaldTest),可以分布运行,也可用一步到位,最后返回 results 可用的DESeqDataSet对象。
〖肆〗、本文是借鉴学习 单细胞转录组基础分析七:差异基因富集分析 的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。此前的分析我们按转录特征把细胞分成了很多类别,例如seurat聚类分析得到的按cluster分类,singleR分析得到的按细胞类型分类,monocle分析得到的按拟时状态(state)分类。
〖伍〗、探索转录组差异表达的深度解析:limma的火山图与热图绘制 在生物信息学领域,使用R语言的limma包进行基因表达数据的细致分析至关重要。limma凭借其强大的统计模型和广泛的认可,成为差异表达研究的首选工具。本文将带你深入了解这一过程,从环境部署到结果可视化,逐一揭示关键步骤。
〖陆〗、下面,我们转向使用edgeR进行差异分析: **估计dispersion**:对数据进行dispersion估计,以评估不同基因的变异性。 **可视化**:利用plotBCV展示不同表达量基因与模型拟合的情况,以判断模型的适应性。 **差异分析与结果提取**:执行差异表达分析并提取差异表达矩阵,标记基因的上调或下调状态。
河北300多例核酸阳性!这场疫情歼灭战该如何打?
截至11月20日24时,云阳县现有确诊病例20例,无症状感染者173例,现已全面落实管控措施。另外,已治愈出院3例,解除无症状感染者5例。11月19日12时—20日24时新增情况 11月19日12时—20日24时,云阳县新增35例(确诊病例2例,无症状感染者33例)。
现通告如下:严控人员流动。除核酸采样、购买生活物资、看病就医等情况外,提倡非必要不出户,城内人员不出城、乡镇人员不进城。提倡喜事停办、丧事简办、宴会不办,停止农村赶集活动。来黔返黔人员需提前1天向目的地村、单位报备,抵黔后主动“落地检”“三天三检”,配合落实分类健康管理措施。
因疫情发展形势严峻复杂,本社区出现多例10混1,涉阳性到访点位活动轨迹多,传播风险不明确。为有效阻断疫情传播,暂对龙腾四小区实施临时封控5天。临时封控时间:从2022年11月25日至2022年11月29日。并于第1天、3天.5天开展核酸检测,第5天核酸结果全部阴性后,予以解封。
石家庄新增新冠患者31例,确诊多人为老师,是否有感染到学生?
教师与学生的感染情况:从石家庄的疫情通报中,我们可以看到,确诊的是两名四十多岁的女教师,一名9岁的小学生,二名中学生和一名在小学食堂工作的阿姨,这几个人都与增村镇相关联。女,44岁,现住新乐市天悦花园。藁城区增村镇小果庄村某中学老师。
是的。2021年1月7日0-24时,石家庄市新增新冠肺炎病例31例。统计可见,其中6人与学校相关,包括:3名学生,2名老师,1人在小学食堂工作。近来,对所有追踪到的密切接触者已全部采取集中隔离医学观察措施,各项防控措施有序进行。
根据石家庄官方公布的消息,在之前确诊的52例感染者中,包含多名小学生,年龄最小的仅4岁。从官方的消息来看,这52名确诊感染者中,多数是石家庄藁城区人。很多人好奇,这些小学生是怎样被感染的?其实,自新冠疫情爆发以来,这种病毒的传染性极强,因此,这些被感染的小学生无疑都是有接触到被感染者。
自新冠爆发以来虽得到了有效地控制,但因为疫苗始终内上市人们就一直纠结着今年冬季会不会重茬,这不近日石家庄新增确诊病例的新闻就因引起了大家的关注,就了解近来石家庄新增30例本地无症状感染者。多个地方进入战时状态,部分县市中小学有的已经停课。课外班和一些培训机构也都改为线上授课了。
各小区和村庄原则上只保留一个出入口,做好值班轮班工作,保证始终有人值班看守,且每次值班人数不少于2人,值班人员做好自我保护。进出小区和村庄的人员一律佩戴口罩,出示绿码通行证,体温正常方可入内。非本区或村庄的人员一律不得入内,非必要情况尽量减少出入。快递和外卖人员实行无接触配送。
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